不知何年，妖界大乱。新妖王对前代势力痛下杀手，更誓要对前妖后腹中的孩子斩尽杀绝。妖后一行躲避追杀来到地处大山深处的永宁村，偏巧遇到捉妖天师霍小岚（白百何 饰）和罗刚（姜武 饰）。一番混乱过后，妖后自知

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆