清光绪年间，山河动荡，外忧内患，中国处在生死存亡的一线间。光绪皇帝（舒适饰）当朝，却因慈禧太后（唐若青饰）垂帘听政，身不由己，宛如傀儡一般。户部尚书翁同龢习光绪学经解义，并灌输启蒙思想，使光绪萌发变法

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代